Создан в 1898 г. К. С. Станиславским и Вл. И. Немировичем-Данченко под названием Московский Художественный театр (МХТ), с 1919 г. - академический (МХАТ).
Открылся 14 октября 1898 спектаклем "Царь Федор Иоаннович" А. К. Толстого в здании театра "Эрмитаж" (Каретный ряд, 3). С 1902 располагается в Камергерском переулке, в здании бывшего Лианозовского театра, перестроенного в том же году (архитектор Ф. О. Шехтель).
Началом Художественного театра считают встречу его основателей Константина Сергеевича Станиславского и Владимира Ивановича Немировича-Данченко в ресторане "Славянский базар" 19 июня 1897 года. Имя "Художественно-Общедоступного" театр носил недолго: уже в 1901 году из названия было убрано слово "общедоступный", хотя ориентация на демократического зрителя оставалась одним из принципов МХТ.
Ядро труппы составили воспитанники драматического отделения Музыкально-драматического училища Московского филармонического общества, где актерское мастерство преподавал Вл. И. Немирович-Данченко (О. Книппер, И. Москвин, В. Мейерхольд, М. Савицкая, М. Германова, М. Роксанова, Н. Литовцева), и участники спектаклей руководимого К. С. Станиславским Общества любителей искусства и литературы (М. Лилина, М. Андреева, В. Лужский, А. Артем). Из провинции был приглашен А. Вишневский, в 1900 году в труппу принят В. Качалов, в 1903 году Л. Леонидов.
Подлинное рождение МХТ связано с драматургией А. П. Чехова ("Чайка", 1898; "Дядя Ваня", 1899; "Три сестры", 1901; "Вишневый сад", 1904) и М. Горького ("Мещане" и "На дне", оба - 1902). В работе над этими спектаклями сформировался новый тип актера, тонко передающего особенности психологии героя, сложились принципы режиссуры, добивающейся актерского ансамбля, создания общей атмосферы действия. Московский Художественный театр - первый в России театр, осуществивший реформу репертуара, создавший собственный круг тем и живший последовательной их разработкой от спектакля к спектаклю. Среди лучших спектаклей МХТ также "Горе от ума" А. С. Грибоедова (1906), "Синяя птица" М. Метерлинка (1908), "Месяц в деревне" И. С. Тургенева (1909), "Гамлет" У. Шекспира (1911), "Мнимый больной" Мольера (1913) и др. С 1912 при МХТ для подготовки актеров в принципах мхатовской школы стали создаваться студии. В 1924 из этих студий в труппу вошли А. К. Тарасова, М. И. Прудкин, О. Н. Андровская, К. Н. Еланская, А. О. Степанова, Н. П. Хмелев, Б. Н. Ливанов, М. М. Яншин, А. Н. Грибов, А. П. Зуева, Н. П. Баталов, М. Н. Кедров, В. Я. Станицын и др., которые наряду с вступившими в МХТ Б. Г. Добронравовым, М. М. Тархановым, В. О. Топорковым, М. П. Болдуманом, А. П. Георгиевской, А. П. Кторовым, П. В. Массальским стали выдающимися мастерами сцены. Из студий вышли также молодые режиссеры - Н. М. Горчаков, И. Я. Судаков, Б. И. Вершилов.
Сплотив вокруг себя молодых авторов, театр приступил к созданию современного репертуара ("Пугачевщина" К. А. Тренева, 1925; "Дни Турбиных" М. А. Булгакова, 1926; пьесы В. П. Катаева, Л. М. Леонова; "Бронепоезд 14-69" Вс. Иванова, 1927). Яркое воплощение получили постановки классики: "Горячее сердце" А. Н. Островского (1926), "Безумный день, или Женитьба Фигаро" П. Бомарше (1927), "Мертвые души" по Н. В. Гоголю (1932), "Враги" М. Горького (1935), "Воскресение" (1930) и "Анна Каренина" (1937) по Л. Н. Толстому, "Тартюф" Мольера (1939), "Три сестры" Чехова (1940), "Школа злословия" Р. Шеридана (1940).
В годы Великой Отечественной войны поставлены "Фронт" А. Е. Корнейчука, "Русские люди" К. М. Симонова, "Офицер флота" А. А. Крона. Среди спектаклей последующих лет - "Последняя жертва" Островского (1944), "Плоды просвещения" Л. Н. Толстого (1951), "Мария Стюарт" Ф. Шиллера (1957), "Золотая карета" Л. М. Леонова (1958), "Милый лжец" Дж. Килти (1962).
Но, несмотря на отдельные удачи, в 60-х гг. театр находился в кризисе. В репертуар все чаще включались пьесы-однодневки, не безболезненно проходила смена поколений. Положение усугублялось тем, что любая критика официально ставшего государственным театра не допускалась. Желание выйти из кризиса побудило старейших актеров МХАТ пригласить в 1970 в качестве главного режиссера воспитанника Школы-студии МХАТ О. Н. Ефремова, сумевшего в 70-х гг. вдохнуть новую жизнь в театр. Им были поставлены "Последние" М. Горького (1971), "Соло для часов с боем" О. Заградника (совместно с А. А. Васильевым, 1973), "Иванов" (1976), "Чайка" (1980), "Дядя Ваня" (1985) Чехова. Одновременно глубоко разрабатывалась и современная тема. Постоянными авторами театра стали А. И. Гельман ("Заседание парткома", 1975; "Мы, нижеподписавшиеся", 1979; "Скамейка", 1984, и др.) и М. М. Рощин ("Валентин и Валентина", 1972; "Эшелон", 1975; "Перламутровая Зинаида", 1987, и др.), ставились пьесы М. Б. Шатрова, А. Н. Мишарина. В труппу вошли И. М. Смоктуновский, А. А. Калягин, Т. В. Доронина, А. А. Попов, А. В. Мягков, Т. Е. Лаврова, Е. А. Евстигнеев, Е. С. Васильева, О. П. Табаков; в спектаклях работали художники Д. Л. Боровский, В. Я. Левенталь и др. Но постоянно разраставшуюся труппу становилось трудно объединить. Необходимость предоставлять работу актерам вела к компромиссам и в выборе пьес, и в назначении режиссеров, что приводило в свою очередь к появлению явно проходных работ. В 80-х гг. был поставлен ряд значительных спектаклей крупными режиссерами - А. В. Эфросом ("Тартюф" Мольера, 1981), Л. А. Додиным ("Кроткая" по Ф. М. Достоевскому, 1985), М. Г. Розовским ("Амадей" П. Шеффера, 1983), К. М. Гинкасом ("Тамада" А. М. Галина, 1986) и др., но общей творческой программы в театре не было. Разлад в театре привел к конфликту. В 1987 коллектив разделился на две самостоятельные труппы: под художественным руководством Ефремова (с 1989 Московский Художественный академический театр имени А. П. Чехова; Камергерский переулок, 3) и Дорониной (Московский Художественный академический театр имени М. Горького; Тверской бульвар, 22).
После смерти О. Ефремова в 2000 г. художественным руководителем МХАТ им. А. П. Чехова становится Олег Табаков, взявший курс на обновление репертуара (ставки сделаны как на классические произведения мировой драматургии - "Гамлет", "Вишневый сад", "Господа Головлевы", "Белая гвардия", "Король Лир", "Тартюф", так и на современную отечественную и зарубежную драматургию) и труппы (в нее вошли О. Яковлева, А. Леонтьев, А. Покровская, В. Хлевинский, К. Хабенский, М. Пореченков, В. Краснов и др.). К созданию спектаклей привлекаются лучшие силы современной режиссуры - Ю. Бутусов, С. Женовач, М. Карбаускис, К. Серебренников, А. Шапиро, Т. Чхеидзе. В 2001 году была открыта третья - Новая - сцена театра, предназначенная специально для экспериментальных постановок.
В 2004 году театр вернулся к первоначальному названию - Московский Художественный театр (МХТ), исключив из наименования слово Академический.